Tahun 1979 M, Karam Zuhdi, anggota majlis syura Jamaah, bertemu dengan Ir Muhammad Abdussalam Faraj, salah seorang anggota pada sebuah gerakan jihad, penulis buku al-Faridhah al-Ghaibah, yang menawarkan pemikiran jihad kepada Karam, bahwa penguasa kafir dan telah keluar dari Islam, sehingga harus digulingkan dan diganti dengan tatanan Islam. Muhammad Abdussalam ini menawarkan kepada Karam agar bergabung dengan tatanan jihad untuk mendirikan negara Islam.

Karam membawa pemikiran ini ke majlis syura Jamaah yang diketuai Dr Najih Ibrahim, maka majlis menyetujui dan mereka menunjuk Dr Umar Abdurrahman sebagai Amir Jamaah, karena mereka melihat bahwa orang ini termasuk ulama pejuang yang gigih dan memiliki sikap tegas di depan thaghut. Selanjutnya Jamaah membentuk sayap militer, divisi dakwah, biro kajian ilmiah dan bagian-bagian penunjang lainnya. Maka sejak saati itu Jamaah memisahkan diri dari arus Salaf dalam manhaj dakwah secara umum dan mengambil nama Jamaah Islamiyah.

Syaikh Dr Umar Abdurrahman diangkat sebagai Amir Jamaah, dia adalah profesor di bidang Tafsir dan Ulumul Qur`an di Fakultas Ushuluddin Universitas al-Azhar cabang Usyuth. Sebelum ini Dr Umar ini sudah pernah merasakan penjara di zaman Jamal Abdun Nashir karena dituduh sebagai Amir Jamaah Tanzhim Jihad yang terlibat pembunuhan terhadap Anwar Sadat dan memfatwakan kehalalan darahnya. Hanya saja pengadilan tidak mampu membuktikan tuduhan yang dialamatkan kepadanya sehingga dia pun bebas.

Selanjutnya Dr Umar meneruskan kiprah dakwahnya melalui muktamar-muktamar, seminar-seminar di berbagai daerah dan universitas, menjual pemikiran Jamaah, memompa semangat anak-anak muda untuk berjihad dan membelot dari aturan pemerintah, hal ini membuatnya berkali-kali ditangkap oleh pihak yang berwenang dan akhirnya divonis sebagai tahanan rumah dengan tuduhan menghasung masyarakat melawan pemerintah, namun tuduhan ini tidak terbukti di pengadilan sehingga dia pun kembali bebas. Akhirnya Dr Umar keluar dari Mesir ke Amerika dan tinggal di New Jersey, di daerah ini pengikutnya berjumlah banyak.

Oktober tahun 1981 M, sayap militer Jamaah menyerang Kantor Pusat Keamanan Usyuth, sehingga terjadilah baku tembak antara mereka dengan kekuatan militer pemerintah yang memakan korban cukup banyak di pihak militer dan setelah keadaan terkendali, maka para tokoh Jamaah pun diciduk termasuk pemimpin mereka Dr Najih Ibrahim, karam Zuhdi dan Isham Darbalah, akhirnya mereka divonis melakukan kerja berat selama 25 tahun.

Tahun 1984 M, setelah anggota-anggota Jamaah yang dipenjara bebas, mereka mulai menata kembali Jamaah dengan diketuai Muhammad Syauqi al-Islambuli, mereka kembali menerjuni kegiatan-kegiatan dakwah di masjid-masjid, seminar-seminar dan sebagainya. Mereka tetap menyuarakan pembelotan terhadap penguasa dan memerangi kelompok yang menolak menerapkan syariat Islam. Hal ini membuat mereka selalu bertabrakan dengan pihak militer Mesir. Tidak sedikit dari anggota Jamaah yang harus disingkirkan dan dibersihkan oleh pihak militer dan hal ini mendapatkan respon balasan dari Jamaah sehingga beberapa tokoh militer harus menjadi korban.

Jamaah memiliki peranan besar dalam jihad Afghanistan dengan mengirimkan anggota-anggotanya ke sana, salah satunya adalah Syaikh Ali Abdul Fattah, Amir Jamaah wilayah Minya dan di bumi Afghanistan Jamaah menerbitkan Majalah Murabithun.

Dari al-Mausu’ah al-Muyassarah, isyraf Dr. Mani’ al-Juhani.